আলো এবং ইলেক্ট্রন অণুবীক্ষণ যন্ত্রের মধ্যে পার্থক্য লক্ষ করা যায়।
একটি অপটিক্যাল মাইক্রোস্কোপ এবং একটি ইলেক্ট্রন মাইক্রোস্কোপের মধ্যে পার্থক্য হল যে একটি অপটিক্যাল মাইক্রোস্কোপ শুধুমাত্র কিছু কোষের কাঠামো দেখতে পারে, যেমন কোষের দেয়াল, ক্লোরোপ্লাস্ট, দাগযুক্ত ক্রোমোজোম, মাইটোকন্ড্রিয়া, নিউক্লিয়াস ইত্যাদি ছোট অর্গানেল। সংক্ষেপে, হালকা মাইক্রোস্কোপ কোষের অণুবীক্ষণিক গঠন দেখতে পারে এবং ইলেক্ট্রন অণুবীক্ষণ যন্ত্র সাবমাইক্রোস্কোপিক গঠন দেখতে পারে।
প্রধান পার্থক্য হল বিবর্ধন। অপটিক্যাল মাইক্রোস্কোপগুলির একটি বিবর্ধন সীমা রয়েছে এবং জুম যত বড়ই হোক না কেন, মানুষের চোখ এটিকে আলাদা করতে পারে না। y(মিনিট)=0.61*তরঙ্গদৈর্ঘ্য)/(n*sinu) —— এমনকি যদি n*sinu তেলে নিমজ্জিত করা হয়, সর্বোচ্চ প্রায় 1.5, এবং বাকি তরঙ্গদৈর্ঘ্যের আকারের উপর নির্ভর করে। অতএব, সর্বাধিক অপটিক্যাল মাইক্রোস্কোপ প্রায় 1000 বার, এবং এটি জুম করা অকেজো। ইলেক্ট্রন মাইক্রোস্কোপ ইমেজ করার জন্য ইলেক্ট্রন বিম ব্যবহার করে এবং তরঙ্গদৈর্ঘ্য দৃশ্যমান আলোর তুলনায় অনেক ছোট, তাই সর্বনিম্ন রেজোলিউশন দূরত্ব y(মিনিট) অনেক বেশি। ছোট, এবং ছোট বিবরণ সমাধান করা যেতে পারে, এবং বিবর্ধন কয়েক মিলিয়ন পৌঁছতে পারে।
